This open accessTeTbook aims T providing dTailed explanTions on howTo design and conTruT image analysis workflowsTo successfully conduT bioimage analysis.AddressingThe main challenges in image dTa analysis, where acquisTion by powerful imaging devices resuTs in very large amouTs of colleTed image dTa,The book discussesTechniques relying on bTch and GPU programming, as well as on powerful deep learning-based algorThms. In addTion, downTream dTa processingTechniques are iTroduced, such as PThon libraries for dTa organizTion, plTting, and visualizTions. Finally, by TudyingThe way individual unique ideas are implemeTed inThe workflows, readers are carefully guidedThrough howThe paramTers driving biological syTems are revealed by analyzing image dTa.These Tudies include segmeTTion of plaTTissue epidermis, analysis ofThe spTial pTtern ofThe eye developmeT in fruT flies, andThe analysis of colleTive cell migrTion dynamicsThe preseTed coTeT eTendsThe Bioimage DTa Analysis WorkflowsTeTbook (Miura, Sladoje, 2020), published inThis same series, wTh new coTribTions and advanced mTerial, while preservingThe well-appreciTed pedagogical approach adoTed and promTed duringTheTraining schools for bioimage analysis organized wThin NEUBIAS –The NTwork of European Bioimage AnalyTs.ThisTeTbook is iTended for advanced TudeTs in various fields ofThe life sciences and biomedicine, as well as Taff scieTiTs and facuTy members who conduT regular quaTTTive analyses of microscopy images.

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